在众人各司其职展开行动时，村子里却突然接二连三地发生怪事。一些村民家中莫名出现神秘符号，还有孩子在夜里被噩梦惊醒，口中喃喃着听不懂的咒语。水户门炎意识到，神秘组织已经开始在村子里布局，他们的行动刻不容缓。火影得到消息后，立刻召集高层商议对策。会议上，大家决定派遣暗部潜入神秘组织的可能据点，收集更多情报。同时，加强村子的防御结界，防止邪恶仪式的力量渗透进来。日向一族的忍者们也在村子各处巡逻，利用白眼的能力监视着每一个角落。而转寝小春和上忍们在古书中有了新发现，原来仪式的启动需要集齐七件上古法器。众人明白，必须赶在神秘组织之前找到这些法器，才能彻底阻止这场灾难。一场与时间赛跑的战斗，就此拉开帷幕。暗部潜入神秘组织据点的行动并不顺利，他们遭遇了神秘组织设下的重重陷阱和强大守卫。好不容易传回一些情报，却发现神秘组织已经找到了两件上古法器，并且正以极快的速度寻找剩余的五件。与此同时，村子里的怪事愈发严重，防御结界开始出现轻微的波动，似乎有一股强大的力量正在试图冲破它。
日向一族的忍者在巡逻时，发现了一个可疑的身影，一路追踪下去，竟意外找到了一件上古法器的线索。他们迅速将消息传递给了村子里的众人。而转寝小春和上忍们也加快了在古书中的查找进度，希望能获取更多关于剩余法器的下落。
就在大家争分夺秒的时候，神秘组织那边也在紧锣密鼓地行动着，一场激烈的交锋似乎已经不可避免，众人能否在神秘组织集齐七件法器前阻止他们，一切还是未知数。就在众人紧张筹备之时，暗部传来急讯，神秘组织竟设下圈套，引诱他们进入一处绝地。数名暗部成员被困，情况危急。火影当即决定，抽调部分日向一族忍者与精英上忍组成救援小队，先解救被困暗部。而转寝小春和剩下的上忍则继续在古籍中找寻法器线索。
救援小队深入绝地，与神秘组织守卫展开激烈战斗。就在他们成功救出暗部成员时，神秘组织却使出诡异术法，让结界内的时间流速加快。外界只过了几分钟，结界内却已过去数小时。等救援小队突围而出，神秘组织又找到了一件法器。此时，村子的防御结界波动加剧，神秘符号开始在结界上闪烁，仿佛邪恶力量即将破茧而出。众人深知，留给他们的时间，真的不多了，一场关乎村子存亡的最终对决，即将来临。就在这千钧一发之际，转寝小春突然从古籍中发现一条隐晦线索，剩余的四件法器竟藏在村子周边被封印的四处危险之地。火影当机立断，将队伍分成四组，分别前往这四个地方寻找法器。日向一族的忍者凭借白眼优势，在危险之地中快速搜寻。而神秘组织似乎也察觉到了他们的行动，派出了更多的高手阻拦。
在一处充满剧毒瘴气的山谷中，一组队员遭遇了神秘组织的强大幻术师，队员们陷入幻境，生命垂危。关键时刻，一名日向忍者开启了更高层次的白眼，识破幻术，带领大家突出重围，成功找到了一件法器。
随着一件件法器被找到，村子的防御结界波动逐渐减弱。但神秘组织也加快了抢夺法器的步伐，双方的冲突愈发激烈。最终对决的时刻越来越近，众人都明白，接下来的每一场战斗都将决定村子的生死存亡。在另一处被封印的火山地带，寻找法器的小队遭遇了神秘组织的熔岩忍者。熔岩忍者操控着滚烫的岩浆，让小队举步维艰。就在大家苦战时，一名上忍突然领悟了新的水遁术，以强大的水流对抗岩浆，局势瞬间扭转。他们趁势突破防线，找到了第二件法器。然而，神秘组织的首领察觉到法器不断被夺，亲自出手。他施展禁忌之术，召唤出黑暗漩涡，企图将所有法器吸入其中。火影见状，集结剩余的所有力量，与神秘组织首领展开最终对决。日向一族的忍者们用白眼锁定首领的破绽，上忍们则施展出最强忍术。在激烈的交锋中，众人齐心协力，终于击败了首领。随着首领倒下，黑暗漩涡消失，剩余的两件法器也自动浮现。村子的防御结界恢复稳定，神秘符号消散，一场危机就此化解，村子重归平静。就在大家以为危机彻底解除，欢呼庆祝之时，那消失的黑暗漩涡竟又隐隐出现，而且比之前更加汹涌。原来，神秘组织首领在濒死之际设下了后手，他将自己的灵魂与禁忌之术绑定，只要还有一丝执念，黑暗漩涡就会再度开启。火影等人脸色大变，刚刚消耗了大量查克拉的他们，面对这更强大的黑暗漩涡，显得有些力不从心。但众人没有退缩，日向一族忍者们强撑着用白眼锁定漩涡的核心，试图找到破解之法。上忍们则再次凝聚查克拉，准备发起新一轮的攻击。就在黑暗漩涡即将吞噬所有法器时，一直默默研究上古法器的转寝小春发现，将剩余两件法器融合，或许能产生克制黑暗漩涡的力量。众人立刻配合，成功融合法器。一道耀眼的光芒射出，黑暗漩涡被缓缓驱散，村子真正迎来了安宁。就在众人以为这次黑暗漩涡被彻底驱散时，融合后的法器突然光芒大作，从中竟分离出一个神秘的影子。这影子竟是神秘组织首领更为强大的灵魂分身，他狂笑着：“你们以为这样就能消灭我？太天真了！”首领分身抬手一挥，一股更恐怖的力量朝着众人袭来。火影等人刚松的一口气又提了起来，他们虽已疲惫不堪，但还是迅速站到一起，准备再次迎战。日向一族忍者们用最后的力量开启白眼，捕捉首领分身的行动轨迹。上忍们也不顾查克拉的大量消耗，施展出各种忍术。就在双方僵持不下时，之前领悟新水遁术的上忍突然有了灵感，他结合融合法器的力量，创造出了一种全新的术法。他大喝一声，施展出此术，强大的力量瞬间将首领分身包裹，慢慢将其瓦解。随着首领分身消散，黑暗彻底退去，村子终于迎来了真正的、长久的安宁，众人也在这场艰苦的战斗中成长，守护着这片他们热爱的土地。