朱载坖的一系列诏书颁布之后，对于宗藩们来说显然是极为不利的。朱载坖用保障宗禄作为条件，要求宗藩们放弃侵占和投献的田地，这对于他们来说是不可接受的，但是朱载坖处理蜀王、辽王等藩王的雷霆手段都使得他们不敢轻易的违逆朱载坖的意思。
他们很清楚，朱载坖为什么要重新设立宗人府，就是要收拾这些宗室们，因为朱载坖和宗室们很清楚，之前那些惩罚宗室的办法已经对他们没有什么大用了，下旨申斥他们置若罔闻，要想将他们送凤阳高墙，他们的罪行还远远不够，所以朱载坖才将之前被废弃的宗人府重新弄了起来。
原因很简单，就是利用宗人府对这些宗藩们进行管束，对那些对抗朝廷新政的宗藩们加以惩戒，虽然不能将他们送往凤阳高墙囚禁，但是可以送京师宗人府囚禁，虽然名为交宗人府管束，但是实际上就是囚禁，具体要囚禁多长时间，也就看皇帝的心情了。
所以宗室们虽然不敢把朱载坖怎么样，但是对于帮助朱载坖打击宗室的郑王朱厚烷他们极为不满的，楚王、靖江王、沈王等上疏朱载坖，认为既然朱载坖要恢复祖制，重新设立宗人府，就应该照太祖时的旧制来办的，太祖的宗人府，是有太祖的几个儿子来担任宗人府的长官的。
宗人令，一人秦王朱樉任，左宗正，一人晋王朱棡任，右宗正，一人燕王朱棣任，左宗人，一人周王朱橚任，右宗人，一人楚王朱桢任，他们认为还是应该都这些大藩藩王来担任，而不是郑王这个罪宗来担任，他们认为郑王在嘉靖时被囚禁高墙，尽管朱载坖登基之后将其释放，但是朱厚烷本人确实是罪宗，不宜担任宗令这一职务。
对于他们的想法，朱载坖很清楚，就是想换掉朱厚烷，他们认为朱厚烷只听朱载坖的，不敢维护宗藩的利益，不是一个称职的宗令。
朱载坖随即下旨给秦藩，直接询问秦藩是不是有当宗令的打算，现在的秦王是朱敬镕，这位的合法性也是有极大的问题的，当然他的问题主要是来自于他爹，秦宣王朱怀埢，朱怀埢原本只是一个镇国中尉，但由于秦简王朱诚泳无子，由第三代临潼王朱秉欆袭秦王，而朱秉欆的儿子昭王也只有唯一的一个儿子定王朱惟焯，定王又无子。
秦藩当时面临绝嗣的可能，按照制度，在这种情况之下，秦藩是应当除国的。
但是嘉靖在这个问题是显得比较谨慎，因为秦藩不同于一般的藩王，秦藩是宗室中的老牌成员，号称\"天下第一藩\"，废除其爵位，无疑会在皇室引起震动，不仅影响嘉靖在皇族中的威信，更可能为其他宗室成员树立错误示范。其次，秦藩除国有可能引发宗室成员的不满，甚至可能激发反抗情绪，对朝廷稳定构成潜在威胁。此外，朱元璋次子地位高贵，秦藩除国等同对朱元璋不孝，这种形象在皇帝眼中无疑难以承受。
所以嘉靖经过思考，选择了朱怀埢袭爵，但是这位秦王确实是有些名不正言不顺，朱怀埢虽然瑟吉欧朱惟焯侄子的后代，然而，朱怀埢与朱惟焯的关系较远，只有追溯到朱公铭这个共同祖先。朱公铭曾被封为临潼王，朱怀埢则是他的曾孙。
让他继承秦王，还是有很大的压力的，最后在嘉靖的力排众议之下，才当上了秦王，他们这一支是很清楚皇帝对于他们的作用的，要是没有嘉靖的力排众议，他们显然只不过是个镇国中尉罢了，所以面对朱载坖的询问，秦王立即上疏，表示自己才疏学浅，难以承担宗令重任，同时郑王乃是宗室贤者，由郑王担任宗令，是极为合适的。
秦王作为宗藩长支，天下第一藩，都对郑王出任宗令表示同意，其他的藩王们就更是没什么说的了。朱载坖还给晋、周、楚等藩下旨，询问他们是否愿意到京师来担任宗人府的职务，这些藩王们这个时候有表示自己难以胜任了，原因很简单，他们很清楚，一旦自己脱离封地，来到京师，那就真的沦为案板上的肉了，朱载坖只要找到理由，就可以收拾他们，所以到京师是万万不能的。
而朱载坖在处理完政务之后，照例考校太子朱翊釴的学业，朱载坖问道：“太子最近学什么了？”
朱翊釴说道：“回父皇，申师傅和王师傅教授中庸。”
朱载坖点点头就问太子讲到何处了，朱翊釴于是背诵了最近所学的内容：故为政在人，取人以身，修身以道，修道以仁。仁者，人也，亲亲为大。义者，宜也，尊贤为大。亲亲之杀，尊贤之等，礼所生也。
朱载坖问道：“申时行和王锡爵怎么讲的？”
朱翊釴说道：“父皇，王师傅说亲爱亲族要分亲疏，尊重贤人要有等级，这就是礼仪的要求，就像父皇最近对于宗藩的治理，就是如此。”
朱载坖问道：“那你怎么看此事呢？”
朱翊釴说道：“儿臣以为王师傅说的对。”
朱载坖笑着说道：“朕不是问王锡爵怎么说的，朕是问你怎么想的，尽管讲来。”
朱翊釴思考了一会说道：“父皇，儿臣听师傅们讲，天下的宗禄已经使得朝廷入不敷出，这就不对了。藩王们虽然是我们朱家的宗亲，但是也是大明的藩王，若是大明穷困，藩王却锦衣玉食，这是显然不对的。”
朱载坖很高兴的对朱翊釴说道：“太子，你能这么想就对了。凡事不能过分，即便是宗室，也是如此。不仅是亲疏，更要有轻重，朕问你，你二弟日后去当藩王，向你乞请奏讨土地，你怎么办？”
这个问题显然有些难住了朱翊釴，他想了半天，才对朱载坖说道：“父皇，儿臣以为若是少量土地，可以赐给，但是不能赏赐无度。”