一次处决这么多的官吏，这在太祖、成祖之后还是第一次，很多官员都认为朱载坖这次处置这些官员有些过于严厉了，但是朱载坖认为这还远远不够。
这些运司官吏，和囤户勾结，给朝廷造成的损失何止千万，况且关系到军储，朱载坖绝不可能放过他们。而且在这次两淮盐引案中，朱载坖还改动了大明惩治贪墨的办法，之前的追赃，也就是止于抄家，抄家之后，贪墨的官员得以惩处，不管他之前侵吞了多少国帑，此事也就作罢。
使得很多官吏转移、隐匿财产，搞牺牲我一个，幸福全家人的操作，甚至在出现大规模贪墨案件的时候，往往用一个低级官员来顶缸，好掩护与此案相关的其他官员。
朱载坖要求赵文华、陆绎等人严厉追赃，对于即使是抄没家产也不能抵偿他们贪墨国帑的这些罪犯，除了将本人加一档量刑之外，还要将罪犯家属充作苦役，充军偏远卫所，直到追平贪墨的国帑为止，朱载坖对于这些贪官污吏是没有任何好感的。
而赵文华在接到朱载坖的上谕之后，也立即安排行刑，在南京、扬州、淮安三地处决涉案的囤户和官吏，一次处决这么多官吏，使得整个东南官场为之一震。
当然缺少的官吏也还是要补上的，朱载坖令吏部慎择官员，而最重要的就是这些小吏了，朱载坖命令仿效在苏松等地试行的小吏招考制度，从国子监算学已经有秀才功名的人中考试选取，盐运、海关、钞关等要害衙门的小吏由吏部直接任命，按期轮换，不允许再出现小吏世代承袭的事情。
解决完这些事情之后，总理盐政户部左侍郎王国光、协理盐政右佥都御史庞尚鹏随即在两淮等主要的盐司推行新政，正盐全部用于开中召商运粮，余盐以纳银的形式支给，同时调整了正盐、余盐的盐引数量，厉行恤灶，盐运司用本色米麦或者折色银收购灶户手中的余盐。
而对于私盐的查禁也要比之以往更加严格，除了盐运司麾下的缉私兵马有查禁私盐的责任之外，户部各钞关也要负责查缉私盐，对于地方州县查禁私盐不利的，朱载坖允许总理盐政、协理盐政具奏弹劾，计入官员的考成。
随着两淮盐引案的落幕，隆庆朝的盐政改革才刚刚拉开大幕，之前巡察盐政的钦差赵文华、陆绎自然要继续巡察，除了两淮之外，长芦、河东等处的盐场一样要加以整顿。
不过现在朝廷里对于他们两人的意见极大，尤其是陆绎，官员们纷纷上疏，认为陆绎过于残暴，要求朱载坖将其撤换，对于赵文华，他们也认为赵文华非正人君子，让他巡察盐政，并非最佳人选。
这次不仅是科道言官和六部的郎中、主事等中低级官员，六部尚书、侍郎，都察院的都御史们，还有各寺的正卿、少卿也都纷纷上疏，他们列举厂卫横行的种种后果，请求朱载坖将陆绎予以撤换，说白了就是对陆绎大肆抓捕官员们的不满，文官担心朱载坖用厂卫治国，这对于他们来说是最不愿因见到的。
除了这些大员之外，连阁臣们也向朱载坖上疏，建议将陆绎加以撤换，当然比之于这些外臣，阁臣们熟悉朱载坖的性格，说话也就更加妥帖，李春芳在密疏中认为，现在满朝汹汹，如果朱载坖坚持任用陆绎的话，必然会导致巡视盐政的大事被阻碍，最好的办法就是将陆绎调回来，改任其他职务，加以保全，再另择他人，协助赵文华巡察盐政才是。
陈以勤也上疏朱载坖，认为现在众议纷纷，如果朱载坖坚持用陆绎的话，必然导致朱载坖和朝臣们的尖锐对立，对于国事并没有什么好处，同时为了保全陆绎，建议朱载坖将陆绎调离锦衣卫，担任其他职务。
朱载坖收到这些奏疏之后，并没召见阁臣，而是召见了左都督掌锦衣卫事朱希孝，询问他的意见，调离陆绎，对于朱希孝来说，那是再好不过的事情了，朱希孝很清楚，论圣眷，自己是绝对比不上裕王府出身的陆绎的，更何况陆绎还有陆炳这样一个老爹。
所以陆绎在锦衣卫，朱希孝时刻担心他会取代自己，但是现在朱载坖询问自己，朱希孝不敢贸然回答，而是说道：“陛下，锦衣卫乃是天子亲兵，升迁转任，俱在陛下一念之间也！”
朱载坖听了之后笑笑说道：“朱都督这话，可是有些取巧了！”
朱希孝闻言只是笑笑，朱载坖想了想说道：“那就改派锦衣千户刘守有位巡察盐政副使，协助赵文华巡视盐政。”
现在朱载坖的基本目的也已经达到了，没必要因为此事和整个文官集团搞的太僵，所以朱载坖觉得将陆绎调回，但是对于陆绎回京之后的安排，朱载坖却没有提及。
而是在第二天通过上谕发布了，原都督佥事、锦衣卫指挥使掌北镇抚司陆绎，忠勤王事，效劳经年，升中军都督府都督同知，加太子少保，兼京卫都指挥使，管带亲军诸卫。
朱载坖是将陆绎调出了锦衣卫中，但是陆绎不是贬谪，而是升迁了，从锦衣卫升任京卫都指挥使，如果说在之前，京卫都指挥使只是一个虚职的话，现在的京卫都指挥使可是极为重要的实缺。
随着朱载坖逐步恢复亲军诸卫，现在的京卫都指挥使麾下，已经有了六卫共三万人的精兵，而且日后会逐渐增加，朱载坖的预计就是恢复亲军上直二十六卫，亲军诸卫和京营互相制约，拱卫京师，更加要命的一点是，京卫都指挥使名义上可是锦衣卫的上级。
朱载坖的上谕中明确说了陆绎管带亲军诸卫，锦衣卫一样也是亲军二十六卫之一，反倒成了朱希孝的上级。
不仅是朱希孝无奈，很多大臣们也是极为不满，但是他们也很清楚，朱载坖已经算是退了一步，要是再不知趣，那就别怪朱载坖动粗了。