朱载坖在和内阁辅臣们还有三法司官员们商量之后，决定重点收拾几种情况的官员，一是擅自增加火耗、羡余，残害百姓的官员，二是收受财物，枉法判案，草菅人命的官员。
三是侵吞国帑、军饷，损公肥私的官员，四是官商勾结，祸乱地方和朝廷法度的官员。对于这些官员和向他们行贿的不法商人、士绅，朱载坖都要求法司予以严惩。
朱载坖对刑部尚书赵文华、大理寺卿赵贞吉和左都御史葛守礼说道：“法司不要杀人，按大明律予以处断就行，定案一起，报朕勾决一起，就处决一起的人犯，朕看他们还敢不敢伸手了！”
同时针对朱载坖最担心的军饷问题，朱载坖以密诏令九边的提督、总兵用密疏向朱载坖检举在军饷粮秣转运过程中的贪墨问题，尤其是大明的顽疾，漂没，朱载坖之前已经再三谕令户部及户部驻九边的管粮郎中、主事，朝廷要求转运的银两、粮秣都是实到之数，如果再有漂没这种陋规被朱载坖发现，朱载坖就要以侵吞国帑从重治罪。
朱载坖在密旨中说明，如果是因为户部解运的军饷粮秣不足，九边将官及时检举，朱载坖不会加罪，但是由于九边将官不检举，而导致军士逃亡，甚至士卒哗变的，朱载坖就以同谋将九边将官们一道治罪。
朱载坖还下诏，令被巡视的衙门和地方主官，各自自查，若有贪墨情弊等，及时处断，朱载坖不会追究堂官正印的责任，但是若是被科道所查出来了，那就要照朝廷制度追究正印的责任了。
朱载坖还亲自召见了要到科道去任职的翰林院官员，并为之设宴壮行，朱载坖执杯说道：“诸位都是翰苑菁华，朝廷储相，朕将朝廷兴利除弊之大事，交付与诸位了！”
朱载坖满饮一杯之后，下令给这些翰苑官员赐酒，以壮行色。
第二天，留在京师的翰林官们就分赴各衙门巡察去了，而出任地方巡按的翰林官们也在锦衣卫的护卫下奔赴地方。
朱载坖对于他们报以厚望，希望他们能够得到历练，成为之后朝廷的梁栋之材，朱载坖还在和阁臣们打赌，谁能够第一个向朱载坖上弹章，李春芳认为是王锡爵，因为李春芳对于王锡爵还算了解，王锡爵本身就是刚烈正直，不阿权贵的个性，这次又是被朱载坖派到了户部这样一个要害衙门，应该是很快能够出成果的。
但是没想到第一个向朱载坖上弹章的事刑科都给事中申时行，而且他上来就是直接弹劾刑部尚书赵文华和原任刑部右侍郎，现任南京刑部尚书王世贞，着实是令朱载坖刮目相看，朱载坖一向认为申时行是和李春芳一样的悉尼大学高材生，不怎么激进的，没想到不声不响给朱载坖整了个大活。
朱载坖连忙仔细阅读了申时行的弹章，申时行是检查刑部卷宗的时候发现了一桩案子，隆庆三年的汝宁府僧人谋财害命案。
事情的起因是汝宁府有一座崇光寺，该寺以住持料尘为首的阖寺僧人，谋害富商，因为这些富商大多信佛，外出走商携带大量银两时，都愿意住在寺中，因为他们认为，佛家乃是净土，最为安稳，也正是这种想法，给了尘等人提供了方便，连几个月前蒙城富商李允才也是被崇光寺的和尚所害，这些年他们劫掠的银两有数十万之多，了尘因此还娶妻生子，开了钱庄。
而令人啧啧称奇的是，崇光寺的住持了尘法师是汝宁府的僧纲司都纲，负责一府的僧事。
此案案发之后，经过汝宁府、河南提刑按察使司审理，了尘及寺中四十三名僧人被判腰斩，现在已经经过刑部复审，准备送大理寺复核了。
按说案子已经算是清楚的了，各种人证物证俱在，了尘等人也已经认罪，事情就算是了结了，但是申时行还是从中发现了问题，这个了尘，怎么变成僧人的？甚至还成为了汝宁府的僧纲司都纲，这其中是否有情弊？无论是汝宁府的官员，还是河南按察司的官员，都没有继续往下追查。
而当然负责复审此案的刑部右侍郎王世贞也是就按照河南的卷宗，予以批准就行了，申时行认为这显然不行，了尘能够在汝宁府疯狂作案四十多起，还成为了汝宁府的僧纲司都纲，这不是很蹊跷的事情吗？
四十多个大活人，而且是富商不见了踪影，朝廷的有司居然查不到任何的踪迹，最后还是凭借汝宁府同知邓昭无意之中才揭破了此事。
当地的官府没有深究细查此案，也就罢了，河南提刑按察使司也不深究细查，刑部也是草草结案，准备将这一干僧人身送法场，就算将此案了结了。
天下这样藏污纳垢的寺院还有多少？汝宁府这样的谋财害命的寺院还有多少，汝宁府查过吗？河南按察司查过吗？刑部查过吗？
申时行认为这是严重的失职，刑部执掌天下刑名，本应防微杜渐，而赵文华、王世贞等人也对可能发生的命案视若无睹，申时行向朱载坖请求，以此案为契机，严厉整顿僧道寺院，严查那些藏污纳垢的寺院庵观。
对于申时行的上疏，朱载坖认为很有道理，了尘一个丧心病狂的凶徒，能够成为汝宁府的僧官，这其中没有猫腻，才是怪事。
而且朱载坖也很清楚申时行为什么如此激动，这也和申时行的身世有关，申时行的生父是苏州富商申士章，其生母据传是一名尼姑，后为苏州知府徐尚珍所收养。
他的出身使得申时行对于僧侣、佛教天然的反感，朱载坖也认为可以借此案子再深挖细查，借机整顿一下这些秃驴。
于是朱载坖下旨，刑部尚书赵文华、原刑部右侍郎南京刑部尚书王世贞申斥、夺俸一月，河南按察司、汝宁府相关官员降一级留用，遣锦衣卫复审此案。