现在苏松等地要求改折的呼声极大，朱载坖也认为改折可以极大的减轻苏松地区农民的负担，但是对于苏松的棉纺织业和丝织业要征收赋税，他们在开海中获利匪浅，自然是要向朝廷交税的。
而且现在朝廷对于苏松的控制已经是今非昔比了，无论是南直隶水陆两总兵，还是苏松锦衣千户所，南京锦衣卫、督师南京大学士，都是朝廷对东南加强控制的措施。
朱载坖要求户部等研究怎么征收工商税，然后条陈上疏，由朱载坖和内阁等商议之后再施行。
除此之外，一个重要的问题就是粮食问题的解决，现在海运发达，除了湖广等处的粮食之外，南洋的粮食也可以大量进口到大明来了，不管是缅甸还是暹罗、占城的粮食，都是非常便宜的，只要能够将这些地方的粮食运到大明来，也可以平抑大明的粮价。
朱载坖认为，要利用海运，大量运输暹罗、占城等地的粮食，到大明来平抑粮价，为了鼓励商人贩运暹罗等地的粮食到大明来，朱载坖在和胡宗宪、徐渭等人商量之后，下旨颁布了针对贩运粮食的商贾实施税收优待的政策，朱载坖下令：嗣后凡遇外洋货船，来闽粤南直浙江天津等省贸易，带米万石以上者，着免其船货税银十分之五；带米五千石以上者，免其船税银十分之三，其米听照市价公平发粜，自此，加恩之处，着为常例。
同时命令各处的海关衙门收购这些商人转运而来的粮食，向京师、辽东等处转运。
同时对于往来贸易的中国商人，则采取强制性的规定，要求出海华商必须运米回国。命令他们在路过暹罗、占城时，用粮食压舱，带运粮食。朝廷也要打造专门用于运输粮食的大船，前往暹罗、占城等用大明的货物换取粮食，通过海运运输粮食到天津，转运到京通仓和辽东等地，以供军用。
同时就是对于钞关的征税，朱载坖主要是和提督钞关衙门鄢懋卿商量，要进一步完善钞关制度，现在钞关关税银仅一百六十万两，不足海关关税的一半，而实际上国内的这些富商大贾，身家百万的比比皆是，不对他们征收重税，实在是说不过去的。
朱载坖这次针对的主要是东南和山西的税关，要加强征缴，重新订立税则，税则分为车船料则例与货税则例，其船料则例由于改进了计料方法，纳料较为合理。其货税则例，在正税则例之外，有比例则例、规例、估价例等项则例。正税则例中将货物分为四大类，货税皆以类相从开列细则。
对于商品的流通阶段，自然是通过钞关来征税，但是对于生产环节，一样也要征税，比如纺织行业要按照织机的数量加以征税，瓷器等要按照窑口的大小和产量予以征税，还有对于一些有军国之用的物资，要实行禁榷制度，不准民间随意买卖。
朱载坖在和户部、兵部等部门商量之后，颁布了第一批禁榷的物资，包括硝石、硫磺、铅锡、茶叶等有关军国之用的物资，都是属于朝廷禁榷，私人交易必须凭借茶引等凭证。
朱载坖要求户部加强对于茶引的管理，地方州县要详细查明茶叶的产量和榷税的多少，太仆寺和兵部要提前制定通过茶马贸易交换马匹所需要的茶叶数量，由户部和地方州府直接向产茶户征收本色茶税，不足的由户部拨银，召商购买运输，茶叶运输只有官收官解和商收商解两种模式，不允许摊派给地方百姓。
同时应俺答之请，在宣大和三边等处增开茶市，向土默特部和西北诸部贩卖茶叶，除了宣大各处的马市之外，还增开甘肃洮岷、河州、西宁、庄浪、甘州、哈密、沙州七处茶市，除了朝廷用于交换马匹的禁榷茶之外，商人也可以向朝廷购买茶引，贩运茶叶，茶叶交换单位为蓖，每蓖重十斤。上等马给茶十二蓖，中等马给茶九蓖，下等马给茶七蓖。
对于茶引，实行和盐引一样严厉的措施，私贩茶叶百斤者，斩立决，伪造茶引十道以上者，斩立决，不仅对于给北方蛮夷的茶叶加以禁榷，和西洋交易的茶叶也被禁榷了，同样要使用茶引勘合才能够和西洋人交易，实则就是变相增加了茶税，每一百斤加征三钱银。
除此之外，江西的御窑厂也要为西洋生产瓷器，同时由海关衙门召商销售给西洋人，增加朝廷的收入。
由于要对东南的这些大商人征收商税，朱载坖担心他们跳起来，所以准备明年再次南巡，朱载坖首先给南京内守备、司礼监秉笔刘忠下达命令，命令他修葺南京宫殿，之前朱载坖每年都下旨修葺南京的宫殿，不过这次朱载坖给刘忠的密旨中要求刘忠将南京的各处宫殿都要修葺完整，朱载坖准备奉请皇太后巡幸南京。
还有就是各地的水利设施，朱载坖给总理河漕潘季驯下旨，命令他赶赴河南，详细巡察黄河河道，规划河南一省的水利，不仅要保证河南不再遭受黄河水患，还要兴修大量的农田水利，使得河南免于旱灾的威胁。
作为中原大省，河南却是一个多灾多难的省份，水旱无时，使得本来拥有大量田地的河南贫穷不已，朱载坖希望通过水利设施的兴修，使得河南百姓至少能够免于饥馑，免于沦为流民，对于大明来说，也会安稳很多。
不过对于朱载坖准备征收商税的事情，还没有实行已经在朝廷传的沸沸扬扬的，不少的苏松籍官员上疏朱载坖，认为苏松的赋税本来就很重了，现在又要征收商税，实在是难以负担，请求朱载坖三思。
对于这些奏疏，朱载坖和内阁是一概留中不发，不予理睬，朱载坖现在已经在思考明年巡幸南京的计划了，应该动用多少护卫官军等。