现在的情况是虽然京操班军这一制度并没被废除，但是实际上已经远远背离了成祖当年建立京操班军的目的，大量的京操班军到了京师也并不从事军事训练，而是被调动来背这些勋臣们役使，或者为朝廷充当苦力，进行各种营建工程，与太祖的本意显然是不符。
现在就京操班军的废弛，导致河南、山东、直隶、南直隶、湖广等内地省份的都司卫所全部废弛，根本没有任何战斗力，嘉靖年间河南师尚诏的作乱，朝廷居然要调动数省的官军才能剿灭，可见现在地方卫所的战斗力之差。
嘉靖时军士逃避京操已到了“全卫通不赴操”的地步，这如何使得，朱载坖是断然不能够接受的，朱载坖召集练兵军务处的所有大臣，商量整顿京操班军的事情。
对于京操班军的堕落，各位参赞军务大臣也深有体会，京操班军数量不足，而勉强来到京师的，又大多是老弱病残，根本不堪趋使，其中的精壮又被各勋臣占役，朝廷还要调动京操班军去从事各种营建，当然会导致大量的军士逃亡，不愿赴京操。
而且现在地方各卫所军士逃亡，根本没有足够的兵力赴京操练，卫所军官视军士为为奴仆，也不愿将卫所中的精壮之士送京师班操，而班军离父母弃妻子越千里而至，朝廷又不能善待他们，自然是大量逃亡了。
兵部尚书汪道昆认为：“京操之制，法久弊生，其间道途之苦，侵牟之害，凌侮之辱，工作之劳，有不胜言者。”他认为在现在的情况下维持原来的京操班军制度已经不可行了，因为京操班军制度是依附于卫所制度的，只有卫所强大充实，才有可能从其中抽调出精壮的京操班军来。
而现在卫所军士逃散，各方面状况都每况愈下，尤其是军士数量大量减少，再想保持原有的京操班军制度，实在是难以为继，所谓皮之不存，毛之焉附也。
马芳等统兵大将也说道：“陛下，京操军士绵软偷惰，盔甲着身若不能任，转项运臂已有难色，其能据鞍上马者鲜矣。能挽几石弓执数寻戟，以从事乎？”现在的京操军士，为了逃避京操，甚至出钱请人代替，这样的京操班军，能打仗才是怪事呢。
汪道昆他们的意思是京操已经无法挽救了，最好的办法就是彻底废弛算了，就像朝廷现在对于卫所的态度一样，军士逃亡也不再管了，虽然是祖制，但是一样无人遵守。
但是内阁不是这么想的，高拱说道：“陛下，班军更番入卫，隶营操练，盖有备斯能无患，居重可以御轻，祖制闳远矣。自工役相因。遂致班政废弛，现欲兴之，必兴利除弊也。”
高拱的话很得朱载坖的青睐，朱载坖也是这么认为的，京操班军事朝廷重根本的手段之一，通过将地方军队中的精锐轮班到京师三大营训练，一方面保证地方卫所中始终有部分可用之兵，同时加强京师附近的武装力量，始终保持居京师而控天下的局面，所以内阁的意思是京操班军制度决不能废。
这点朱载坖是同意的，朱载坖也认为不能够将京操班军予以撤销，这样会影响朝廷对于地方的控制，而且中部各省，承平日久，军旅废弛，一旦有事，不能应变，这也是朱载坖很担心的事情，所以从朱载坖的角度来看，京操班军决不能废弛，而是要坚持下去。
张居正也说道：“陛下，京操之弊，大半源于卫所军官也，领班之将复多贪渔，富者贿免，贫者气夺。彼其数千里裹粮赴命，流汗浃踵而不得休。乃使之营不急之务，应无艺之工，重为其帅所苦。”
张居正认为京操的弊端和这些卫所军官们脱不了干系，要用严刑峻法惩治这些卫所军官，使得他们不敢玩法懈怠，以京操中最严重的弊端，役使班军而言，张居正就认为，班军被役作苦工并不单纯是朝廷的政策，也是军官们的意图。唯有如此，他们手中掌握的大量苦力便成了无数渔利的手段，官利用控制班军的机会对军士巧取豪夺，同时把军士当成私人奴隶卖工赚钱，这些事情都是常有的。
张居正认为，要严加整顿，以严刑峻法使得这些军官不敢苛待军士，张居正说道：“陛下，向来自京班言之，春秋分二班矣，然皆具其名而无其人也。本户醵金包折于领班之官，军便于家居，官便于厚利。稍出其以为雇点之资，上下各以文具相欺，实数何有，所谓卫神京者安在耶？”
这是现在普遍存在的事情，军士为了避免京操，只得贿赂军官，军官则以虚名搪塞，真正到京师应操的十之一二罢了。
朱载坖当然知道这些顽疾，他对参赞军务大臣们说道：“诸位，班军入卫神京，事关重大。近因承平日久，视为故事。军每逾期不赴，粮则久借不还。倘若边报日严，库藏如洗，非籍明旨申严，日复一日，误事非轻，须得严加整顿，朕不能等闲视之。”
对于现在京操班军存在的各种问题，朱载坖当然是知道，朱载坖说道：“朕非不知班军之弊也，兵士受粟布于公门，纳月钱于私室，于是手不习击刺之法，足不习进退之宜，第转货为商，执技为工，而以工商所得补纳月钱。民之膏血，兵之气力，皆变为金银以惠奸宄。一旦率以临敌，如驱羊拒狼，几何其不败也？然京操乃强根本，卫神京之策，断不可以等闲视之。”
朱载坖命令以练兵军务处为整顿京操班军的机构，首先查实现在每次京操班军的实有数量，各都司卫所向京师派遣的军士数量，弄清楚了这些情况，才能够为下一步具体政策提供依据。
同时朱载坖下达诏令，命令日后不管任何营建，都不允许役使班操京军，各勋臣府邸也将自己占役的班操军士退还，否则朱载坖一经查出，必遭严惩。