江南的案子还在继续，钱谦益和张锡钧等人在江南发动后把诸多人等一网打尽，再加上京师的动作，此案已成了轰动天下的永明第一案。
随着案情的内幕逐步传播，大明上下对东林党的看法瞬间有了巨大的改变，谁都无法相信向来号称清流，口口声声为国为民的东林党居然做出这样的事来，勾结外敌，出卖国家，贪污腐化，私开矿产，甚至还挪用了国库盗卖粮食，侵吞地方军库出售军械、火器给建奴，此举简直令人无法想象。
瞬间，东林党的口碑一下子崩坏，虽说动手抓人的人中就有不少东林党的官员，可这依旧无法避免所有人对东林党看法的巨大转变。再加上许多其他各党的官员在此案中推波助澜，虽然他们意图直接介入此案，想借这案子彻底把东林党打得无法翻身却被朱慎锥给拦了下来，可私下的小动作却依旧不少。
自那天朝会后，朱慎锥包括内阁、三法司各部就不断收到揭发东林党罪行的举报，虽然大部分举报都是捕风捉影，可也有不少是真实的，这些举报如同雪片一般飞来，大有把东林党彻底铲除的架势，这使得以孙承宗为首的东林党人心中惶惶不安。
不过朱慎锥对此特意私下召见了他们，对他们进行了安抚。并明确告诉他们东林党只是学派而非真正的实党，既然是学派那么其中之人自然有好有坏。
某些人的罪行不能代表所有人都有问题，这件事这要分开来看，而且作为皇帝的朱慎锥不认为所有东林党都是乱臣贼子，更全是那种的小人，要不然他也不会用孙承宗、钱谦益等东林党人来处置此案了，这已表明了自己的态度。
当然，现在东林党名气臭了也是事实，这关键在于东林党的自身。东林党这些年没有自省，为扩大影响力对于内部的成员更没进行删别，这才使得其中鱼龙混杂，一颗老鼠屎坏了一锅汤。
朱慎锥告诉他们不用对此太过在意，谁的问题就是谁的，朝廷不会牵连到他人。大明从来不搞株连的事，让他们安心办差，以实际行动来证明自己对大明的忠诚，只要做到这点，他这个皇帝自然会帮他们做主。
朱慎锥明确的态度让孙承宗等人心中大定，至少表示皇帝没有对此案扩大化的想法。当然朱慎锥在表态的同时也提出了他的要求，要求有三点，第一点是希望他们这些东林党的中坚能为朝廷稳定住南方，改变之前南方的局面，使得中枢的力量能彻底控制南方各地。
第二点，大明的相应政策如今在北方实施的不错，等南方稳定下来后这些政策应当逐步由北向南推行，而政策的落实也需要靠他们来协助。
至于第三点就是朱慎锥表示东林党的名声现在不太好，如果他们继续打着东林党的旗号也不合适，如果有可能的话希望能弃东林而用其他名字，或者说作为一个学术流派其实不必称党，这样的话更能进一步消除这个案子所带来的影响，对大家都有好处。
对于这三点要求，孙承宗心中苦笑，他怎么能不明白朱慎锥的真正想法。可眼下这个现状东林党已没有抵抗之力了，如果不按照朱慎锥提出的要求去做，恐怕后果极其严重。
无奈之下孙承宗等人只能表态接受朱慎锥的要求，前两点还没问题，关键在于第三点弃东林而重组，这一步很难迈出，可又不得不做，问题形势比人强，对此也很是无奈。
在安抚孙承宗等人的同时，朱慎锥也借着其他各党势力对东林党发起的进攻进行了布置，利用这个机会大幅度调整了南方的许多官员，其中就包括南京六部尚书的职务再加浙江布政司等官职。
在这些官职调整过程中，朱慎锥适当地和其他各派做了利益交换，如此很顺利地收回了包括江南的矿山和赋税权利，此外通过江南的私下开矿一事被牵连出来后，朝廷直接宣布对大明各地的矿产进行全面开禁，但这一次开禁不同于万历时期，朝廷也不会再派矿监去地方负责开矿，而是把此事交给了户部和工部再加内务府，另其三方对各地的矿产进行信息收集和评估，然后再以矿山开采权承包的方式进行发卖。