1624年的时候，荷兰人第二次占据澎湖，想在东南沿海创造一个贸易根据地，但又被明朝逼退。
所以那个时候荷兰人是打不过明朝的，不过史书上后来事实就是荷兰没有占澎湖却去占了小琉球南部，也就是今台湾南部。
荷兰人到了台南，郑芝龙也就跟着到了台湾。也就是这个时候郑芝龙跟台湾结下了很深关系。
据一些记载说，郑芝龙是被李旦派去荷兰人阵营的卧底。
因为这个时候的荷兰人已经开始影响到李旦的商业利益了，所以李旦派郑芝龙去荷兰那里当翻译，是希望能够在那里安插自己的眼线。
也就是这样，郑芝龙开始把自己的重心从经营日本改成经营台湾，到底郑芝龙是在台湾经营什么事业呢，其实就是当海盗了。
当时荷兰给郑芝龙的主要任务，是在台湾海峡截取要前往马尼拉跟西班牙人通商的所有船只。
因为当时西班牙人手里，有所有中国商人都眼红的白银，这些都来自西班牙所属的美洲大陆。
西班牙人只要在马尼拉等着，就会有大批中国商人按时间去马尼拉跟他做生意，而西班牙人根本就不用出门。
郑芝龙其实只要拦住那些中国商人就行了，并不需要担心西班牙人的战舰。
根据荷兰第二任总督杰拉德韦特的说法，郑芝龙通常都率领大概30艘左右中式帆船去进行抢劫的业务。
在当时海上，做无本买卖这种事情，钱肯定是好赚了。
而就在郑芝龙努力抢劫的时候，1624年的8月27号，在日本平户岛东岸有一处地方叫作千里滨。在海滩上，田川氏生下那个未来会撼动名震天下的孩子。
不知道是不是因为有了孩子，郑芝龙就决定自己单干脱离荷兰人私立门户。
在1625年4月到5月之间，郑芝龙决心摆脱荷兰人，开启他成为海上枭雄的旅程，而三个月之后，李旦就过世了。
李旦在台湾的基业基本都被郑芝龙继承。所以郑芝龙自立门户，就有一个很牢靠的基础。
他这时候就开始真正叫郑芝龙了，不再叫郑一官，也不叫尼古拉了。
1626年到1628年，郑芝龙以魍港为基地开启了他劫掠海上的事业。
魍港位于今台湾省云林县西南北港溪下游北港镇一带。
郑芝龙首先招揽汉人，做一些开垦工作，建设基地。
有了基地之后，郑芝龙就出海去抢福建跟广东的商人。
这个时候明朝官兵发现海盗就要去剿。但是郑芝龙的在海上实力非常强，明朝官兵根本奈何不了他。
由于他的实力太强了，明朝也剿不下来，所以最后就只能是招安了，因为郑芝龙本来也是明朝出去的，只是招安条件一直谈不拢。