深夜，NERV总部司令室。
“第五使徒么？”
坐在高位上的碇源堂双手交叉，看着屏幕内逐渐变得清晰的画面，沉声说道。
“果然，使徒袭来的速度发生了变化。”冬月教授站在他身后，皱着眉头，“如此紧迫的袭击速度...太奇怪了......”
第四使徒在第三使徒被消灭的第二天就已经来袭。
而第五使徒也同样如此，在第四使徒被消灭的第二天深夜就已经袭来。
“有谁在主动唤醒使徒么？”碇源堂沉声思索道。
“不...使徒袭来的时间和地点完全是不可控的。”冬月教授回答道，“在它们苏醒前，几乎无法凭借现有手段找到他们的位置。”
“这件事...不可能是人类做的。”
冬月教授确信他们之中没有人能够办到这一点。
“那么，是使徒？”碇源堂皱眉。
不过他刚说出口，心里就否决了这一点。
被亚当创造出的使徒不具备智慧，不可能做出任何带有计划性质的行为。
他们只能猜测在他们不知道的地方又出现了一些特殊情况。
“不过眼下，将第五使徒消灭才是最重要的。”碇源堂看着屏幕内的画面说道。
......
使徒，是一个人类用来称呼那些特殊存在的统称。
在第三使徒水天使之前，他们就已经遇到两位使徒了。
分别是作为造物主的第一使徒亚当，以及第二使徒莉莉丝。
根据他们得到的古代文献、预言之书【死海文书】记载，亚当是最初从宇宙来到地球的造物主，在地球内创造了十数头拥有巨大体型的强大独立生命体，也就是人类口中的第三使徒到第十六使徒。
而第二使徒莉莉丝，就是在亚当之后来到地球的另一位造物主，她的降临造成的冲击导致了亚当包括其造物全部陷入沉睡，之后自身在创造出人类、创造出海洋之后也同样陷入沉睡。
人类这一族群较为特殊，他们无法像亚当的造物那样拥有强大的整个躯体，只能以无数个分散的个体存在于世间。
人类与使徒是由不同造物主创造出的生命，不过如果按照【使徒】这个名字来判定，人类也可以被称作第十八使徒，只是人们已经习惯了将敌人直接称作使徒，所以容易出现混淆。
亚当和创造物全部陷入沉睡后，莉莉丝也陷入沉睡，而人类，和海洋孕育出的无数种生命，在这颗星球繁衍生息，一直到现在。
区分亚当造物与人类的关键，就是力量与智慧。
人类没有强大的AT立场，但是却拥有其他使徒所不具备的智慧。
不过人类的高层，背后真正掌控着这个世界的组织【SEELE】却一直在图谋让全体人类变成一个整体，变成像其他使徒那样的高等层次存在。
为此，他们布置了大量计划。
【人类补完计划委员会】，就是为了监督碇源堂的【NERV】而设立的，而他们也可以控制各个国家的走向。
......
正准备和夏树去郊外进行训练的碇真嗣听到警报声后停下脚步。
“这是...使徒又来了吗？”
碇真嗣站在总部的钢铁长廊内，抬起头，皱着眉头说道。
使徒的本能是回归亚当，实现自身进化的同时引发一次大清洗，而作为人类的碇真嗣，此刻的选择是——战斗。
“喂，美里小姐？”
“对，我在基地内。”
“我马上过去！”
挂掉电话后，真嗣在一阵警报声中朝着机库的方向大步奔跑。
......
司令室内。
“第三新东京市已经转换为战斗模式，居民住宅均已降至地下，市民们也进入到避难所内。”一名技术员汇报道。