根组织，也就是根部，又被称之为暗部培训部门，是在三代火影上位之后，由志村团藏提议创立并且直接指挥的组织。
在二代火影事情，压根没有根组织生存的土壤。
二代火影固然没有他哥初代火影那般，能够以一己之力压得其他四大忍村不敢说话的绝对实力，但在对木叶村内部的掌控力上。
出身于千手一族，又是禁术大师的千手扉间，那也是绝对说一不二的存在，整个木叶村内部根本不存在敢对他阳奉阴违的人。
所以由他创建的暗部，便足以解决火影权力无法处理的问题。
但三代火影他就不一样了，他的上位本身就是临危受命，并非通过正统的流程。
一般来说要成为下一代火影，必须由前代火影提议，然后交给火之国大名审批，再通过木叶上忍的投票选举。
经过这么一个流程之后，才会真正宣布火影是谁。
但三代火影他成为火影的时候，压根没有大名审批以及上忍投票的环节。
而在二代火影指名之后，他很快就因为断后而战死。
等到三代火影上位之后，来自于二代火影的影响力，依旧在木叶村方方面面影响着一切，他这个三代火影当得那是什么都指挥部的。
各大忍族也好，还是木叶内的上忍们也罢，愿意听他命令的那是少之又少，他这个火影当得那叫一个名不副实。
这当然也和三代火影既没有初代的实力，也没有二代的手腕，和前两代火影比起来，三代火影纯纯就是一个废物。
比起上忍自然要强，但又与村民期望之中的火影完全不是一码事，各大忍族自然也不会服气这么一个压不住场面的火影。
再加上在那之后第一次忍界大战的爆发，三代火影在大战之中的表现可以说是并不显眼，让他的掌权之路并不好走。
这才有了在三代火影上位之后，安排和他同一个老师门下的水户门炎、转寝小春成为火影顾问，开始夺取高层权力。
又让志村团藏成立了一个根部，号称是暗部培训部门，可事实上也是从暗部抢权力的。
直到将暗部从其他忍族粥中抢回来，三代火影才算是真正拥有了属于自己的权力。
正是因为这样的掌权经历，让三代火影和团藏成为互为表里的关系。
没有三代火影就没有根组织的诞生，而没有根组织的存在，三代火影自然也不会有如今的权力。
随着三代火影清洗掉初代和二代火影的痕迹，三代火影成为了木叶村内最大的掌权人，而根组织也趁着三代火影权力的膨胀，逐渐成长到了木叶之暗的庞大存在。
而等到三代火影年迈，甚至选择了四代火影的时候，根组织已经成为了尾大不掉的存在，甚至就连三代火影都无法将其掌控。
根组织的存在，无疑是畸形的产物。
初代创造了忍村制度，其他各国争相效仿。
二代缔造了忍校与暗部制度，其他各国同样是学得有模有样。