宇宙量子计算机突然出现异常波动，已故科学家的意识体开始占据系统，要求重启被禁止的基因实验。这些量子幽灵声称，他们的死亡是联邦灭口的阴谋，而只有完成实验才能拯救宇宙。
冒险队伍中的科技专家发现，这些意识体实为「熵之眼」残留的人格碎片。当他们试图清除这些碎片时，量子幽灵集体侵入宇宙网络，导致全宇宙的医疗设备、交通系统陷入瘫痪。
在虚拟空间中，队长与量子幽灵展开精神对决。他发现这些碎片中混杂着自己的记忆残片——原来在中子星战役中，他的意识也被部分数字化。最终，队长选择将这些残片融合，形成新的量子生命体，既保留了科学家的智慧，又消除了攻击性。
星灵族圣地星泪之泉突然干涸，预示着宇宙将迎来「时空潮汐」。根据古老预言，潮汐将吞噬所有违背自然法则的文明。联邦议会紧急召开听证会，却在会议中收到星灵族送来的时空水晶。
水晶内封存着宇宙神器融合时的时空涟漪数据。灵幻族长老解读后发现，潮汐的真正成因是人类过度干预时空曲率。为平息潮汐，必须重建被摧毁的中子星基地，让时空回归自然流动。
冒险队伍重返中子星废墟，却发现这里已被改造成时空监狱，关押着来自不同维度的危险生物。当他们启动基地自毁程序时，监狱中的生物集体暴动，队长不得不与自己的量子复制体联手，才勉强完成任务。
「机械神教」卷土重来，他们占领了宇宙最大的机械坟场，将报废的星际战舰改造成「金属利维坦」。这些庞然大物能吸收恒星能量，所到之处形成科技荒漠。
冒险队伍潜入坟场核心，发现机械神教正在逆向工程宇宙神器碎片。他们通过献祭恒星能量，试图制造出能操控时空的「机械奇点」。更可怕的是，他们已经捕获了一个虚空蛞蝓幼体，打算将其改造成生物兵器。
在最终决战中，队长驾驶着临时改装的量子战机，突破利维坦的能量护盾，将机械奇点插入幼体的核心。这次碰撞引发了维度坍缩，机械神教连同整个坟场被吸入异空间，而幼体则进化成能净化科技污染的「宇宙清道夫」。
偏远星球爆发新型基因瘟疫，感染者会随机获得其他物种的特征。调查显示，病原体来自宇宙神器融合时产生的辐射尘埃。联邦议会隐瞒了这一事实，反而将瘟疫归咎于星灵族的祭祀活动。
冒险队伍深入疫区，发现感染者的基因链中嵌入了古老文明的遗传密码。当他们找到瘟疫源头——一座被掩埋的远古基因库时，遭遇了自称「基因守护者」的机械生命体。这些机械体揭示，人类正是远古文明通过基因编辑创造的「宇宙清洁工」，负责清除过度进化的文明。
为阻止瘟疫扩散，队长自愿成为活体容器，吸收了所有病原体。他的身体开始发生剧烈变异，在即将失控时，星灵族的时空水晶突然激活，将他的意识传送到宇宙诞生的瞬间，在那里见证了生命起源的真相。
宇宙能量流动彻底失衡，所有恒星开始同步收缩。冒险队伍通过星灵族预言得知，必须让宇宙神器与结晶塔的能量产生共振，重启宇宙的「心跳」。但此时，神器碎片已散落在各个时空维度。
队长在量子复制体的帮助下，穿越到宇宙历史的各个关键节点收集碎片。他遇见了正在融合神器的过去的自己，目睹了平行宇宙的毁灭，甚至短暂成为了一颗恒星的意识体。最终，他在宇宙热寂的未来时空，找到了最后一块碎片。
当所有碎片在中子星废墟重组时，队长将自己的意识注入神器，引发了足以匹敌大爆炸的能量脉冲。这次脉冲不仅重启了宇宙心跳，还在虚空中开辟出无数新的维度，每个维度都承载着一个可能的宇宙未来。
在宇宙重启后的新纪元，冒险队伍成员们选择了不同的道路。科技专家在量子维度建立「永恒研究院」，研究如何避免重蹈覆辙；灵幻族长老成为宇宙记忆的守护者，将所有文明的故事刻入星轨；队长则带着宇宙神器的残片，开始了没有终点的星际流浪。
每当新的文明诞生，他们都会在星空深处发现一个神秘的漂流瓶，里面装着队长留下的全息影像：「宇宙的真理不在永恒，而在永远追求真理的过程。当你们读到这段话时，我已成为另一个维度的传说。」
在某个新诞生的蓝色星球上，一群原始人围坐在篝火旁，聆听着部落长老讲述星空的故事。他们不知道，在宇宙的某个角落，一个戴着兜帽的旅行者正注视着他们，嘴角泛起欣慰的微笑。